Справочник "Мои организации" используется во всех внешних документах и отчетах. Особое внимание стоит обратить на остатки товара. Остатки товара группируются по: Товару, Складу и теперь ещё и Организации. Организации можно вводить как в справочнике "Контрагенты", так и в отдельном справочнике "Мои организации". Редактирование организации идентично редактированию Контрагента, только надо указать тип:

При обновлении сервиса, во всех документах выбрана организация (по умолчанию) из Констант.

Константы: 
Обязательно установите текущую организацию. Это значение будет по-умолчанию подставляется в разные объекты сервиса.

Документы: 
При создании нового документа Организация присваивается из Констант. При проведении документа остатки товара теперь будут связаны с организацией документа.

Отчеты: 
При формировании отчета указание организации - обязательно. Организация по-умолчанию присваивается из Констант. 

Справочники: 
1) Точки продаж. Добавлено поле "Организация"

 1) Касса. Добавлено поле "Организация"
   

то есть каждая точка и касса связана с организацией.